Inti Creates開発・Capcom発売、2004年11月に米国で発売されたGBA向けメガマンゼロシリーズ第3弾。ゼロがネオアルカディアより危険な敵と戦う中でオメガとDr.ワイルの起源が明らかになる。ゼロの外見と能力を変えるフォームシステム、印象的なボス、ロボット戦争に関する重要な啓示のあるシナリオ。シリーズ最高傑作と評される一作。
『Mega Man Zero 3』のPAL欧州版で、Inti Creates派生の頂点と評価され、津田美穂監督の腕がZero 2の実験を経て最適化された一本。Capcom欧州出荷は短く、欧州紙箱は脆く、Inti Creates年代記におけるZero 3の位置がPAL識別完品をGBA四部作中最も構造的に追跡される対象に位置付け、津田美術系設計の支持層を集める。